公元一九○○年（清光緒26年），本校由基督教監理公會創辦，設校址於蘇州。民國四十年，東吳旅台同學會創議復校，經校友多方奔走，乃於民國四十三年奉教育部核准在台復校。
有鑑於當時台灣經濟發展正處萌芽階段，為配合經濟時勢，培養財經專才，故在復校時即設立經濟學系，隸屬法學院。民國五十八年本校恢復大學建制，設立商學院，將經濟學系改屬商學院，使本校學生享有理論與實務兼顧之學習環境。
因辦學優良，遂於民國五十九年成立夜間部與經濟學研究所，民國七十八年招收博士班學生。民國八十七年開辦大學推薦甄試入學招生，並於八十八學年度起成立在職進修碩士班。
