東吳大學哲學系創始於民國69年（1980年）。在當年篳路藍縷的艱難環境中，端木愷校長以「無哲學系，不足以成為一完整大學」的高瞻遠矚，成立國內第六個哲學系，經由歷任系主任及全體教職員生的長期努力，本系得以在完整與紮實的哲學教育基礎上不斷地成長與茁壯。民國109年（2020年）東吳哲學即將邁入創系40週年的系慶，40年來東吳哲學不僅持續追求學術創新、教學卓越，與特色建立，並同時考慮學生的生涯規劃、系友的社會資源與學系的永續經營，期望本系能夠成為一個具有專業化、多元化、與國際化的學術重鎮。

東吳哲學在首位系主任趙玲玲教授任內，本系先後延聘劉千美與孫大川兩位專任教師，並同時禮聘多位學有專精的學者，如沈清松、項退結、曾春海、姚蒸民、林照田等教授蒞校開設專業課程。

民國77年由孫振青教授接任系主任，進一步擴充本系師資，先後禮聘陳錦鴻、莊文瑞、葉海煙、黃筱慧、陳瑤華等五位專任教師，本系師資陣容乃有更具實力的擴展。孫振青主任於民國84年1月底屆齡退休，後由本校敦聘為研究教授。

第三任系主任為陳錦鴻副教授，自民國84年起任期三年，在任期間延聘張永儁（94學年屆齡退休）、李賢中及廖仁義三位專任教師。

民國87年8月，由葉海煙教授擔任系主任，繼續本著創系之目標與發展而努力。本系於88學年度（1999年）成立碩士班，今年108學年度（2019年）東吳哲學碩士班正式邁入了創所20週年。由於碩士班的創設，本系所得以擴編師資，不僅新聘陳瑞麟老師為專任教師，更於90學年度起新增聘郭梨華老師、米建國老師，91學年度新聘游淙祺老師，92學年度新聘王志輝老師，陸續擴大充實本系專任師資，再於92學年度第二學期，敦聘林正弘教授為專任客座教授。同時，本校端木愷講座亦禮聘了兩位哲學界大老，勞思光教授與劉述先教授於碩士班授課，更為本系在教學與研究上注入了薪傳與發展的助力。葉主任在任內首先成立了「中國哲學（外語系列）資料中心」，大力充實中國哲學國際化研究能量。

民國93年8月，莊文瑞副教授繼任系主任，為本系第五位系主任，於94學年度敦聘郭博文教授為專任客座教授，且同時延攬原任國立中正大學哲學系彭孟堯教授至本系專任，並於莊主任任內確認95學年度聘請朱建民教授為專任客座教授，及新聘沈享民老師為專任教師。莊主任同時推動成立「哲學教學研究平台」(哲學中心)，以舉辦各項教學研究活動，於既有之穩固基礎上，發展更具特色之中西哲學教育與專業研究，為本系之未來願景奠定基礎。

95學年度由彭孟堯教授接任第六任系主任，繼續推動哲學系之發展。本系於96學年度獲校長支持，禮聘國內重量級之哲學學者兼任本系之客座講座教授，同時間聘請到中央研究院歐美研究所方萬全教授、中央研究院中國文哲研究所李明輝教授與國立陽明大學心智哲學研究所洪裕宏教授在碩士班或大學部開課。96學年度新聘宋灝老師、蔡政宏老師為專任教師。

97學年度米建國副教授擔任第七任系主任，於98學年度申請國科會經費，新聘香港中文大學哲學系劉昌元教授及中國社會科學院馮時教授為本系客座教授，再於第二學期新聘馬愷之助理教授為專任教師。99學年度新聘范芯華助理教授為專任教師，改聘榮任華梵大學校長的朱建民教授為本院端木愷講座教授，並聘請香港科技大學莊錦章教授至本系客座。米主任在任期間除推動哲學系的系務與發展之外，並推動東吳哲學中心的永續經營計畫，以系所為中心的後盾，以中心為系所的延伸，期望在哲學系與哲學中心的相互支援下，東吳哲學系能夠真正成為一個具有專業化、多元化、與國際化的學術重鎮。

100學年度由王志輝副教授接任第八任系主任職務，新聘黃崇修老師為專任助理教授，101學年度第二學期起改聘方萬全為專任客座教授。102學年度本系獲科技部經費補助新聘大陸廖名春教授及香港馮耀明教授為專任客座教授，聘期分別為一學期及一年；並自第二學期聘請愛丁堡大學Shane Ryan博士擔任博士後研究員。

103學年度米建國教授擔任第九任系主任，新聘美國羅格茲大學Ernest Sosa教授與邁阿密大學Michael Slote教授為本校端木愷講座教授；並仍以科技部經費續聘馮耀明教授為本系客座教授，另自10月續聘Shane Ryan博士擔任博士後研究員。104學年度上述三位國外學者仍獲續聘。105學年度敦聘朱建民教授為東吳大學文理講座教授，另以科技部計畫聘請莊錦章教授為客座教授。106學年度由王志輝教授擔任第十任系主任，朱建民教授改聘為專任客座教授，並新聘兩位專任專案教師劉保禧助理教授、蕭銘源助理教授，兩位教師於107學年度順利改聘為專任助理教授。107學年度再由米建國教授擔任第十一任系主任，新聘兩位專任專案教師張峰賓助理教授與林璿之助理教授。在任期間除了繼續做好招生工作、負責課程外審與系所評鑑之外，並於108學年度開始，促成「思維方法」成為全校大一共同必修科目，同時也積極開創「推理」成為哲學系「第二專長」課程模組。110學年度米建國教授續任第十二任系主任，並推動本系第二個「美學智能」第二專長課程模組，112學年度由蕭銘源副教授接任系主任。

本系師資均為具備哲學專業之優秀人才，113學年度共計有名譽教授1位、講座教授2位、特聘教授1位、教授2位、副教授4位、助理教授3位，皆具有國內外知名大學之博士學位。兼任教師共有16位，含教授3位、副教授級專業技術人員1位,助理教授11位，主要協助本系之選修、第二專長、全校通識與全校共同必修「思維方法」等授課之任務。