本處的沿革發展，經歷了下列幾個階段：
- 民國94年11月2日
由劉兆玄校長於94學年度第4次行政會議提出東吳大學組織規程修正案，經專案小組多次會議討論後，94年10月12日業務會報進一步修正。其中提出增設「研究事務及國際合作處」，由研究事務長主持，負責學術研究及國際交流合作等有關事務；調整教務處組織，取消教學與研究發展組，將原負責之研究發展業務，移轉研究事務及國際合作處。
- 民國94年12月7日
94學年度第5次行政會議確認第4次會議紀錄時，於組織規程中增加「研究事務及國際合作處」會議事項
- 民國94年12月28日及95年1月4日
94學年度第1次校務會議中，劉兆玄校長提出組織規程修訂案修訂通過，其中說明因應大學校務評鑑規劃與實施計畫之評鑑結果，為提升研究及推動國際交流，故成立位階較高之專責機構研究事務及國際合作處。
- 民國95年2月
94學年度第2學期於民國95年2月，成立「研究事務與國際合作處」。由簡茂丁教授(數學系教授兼)擔任研究事務長。
- 民國97年8月
邱永和教授(經濟系教授兼)擔任研究事務長。
- 民國98年1月22日
社會資源處(原發展處)奉校長指示，邀集相關單位主管討論業務移轉事宜，企劃組業務自98年2月1日起改隸研究事務與國際合作處，其中校史室業務由企劃組移交圖書館負責管理。
- 民國100年11月7日
100 學年度第1學期第 7 次業務會報於城中2227會議室召開，依 100 年 9 月 26 日業務會之討論及目前學校實際運作需要，同時修訂其他有關之條文。修訂重點如下：
- 將企劃組改設於「研究事務與國際合作處」下，並修正研究事務長及發展處處長之職掌。
- 「研究事務與國際合作處」增加企劃組後，業務已另涵蓋校務發展規劃，故單位名稱建議修正為「研發處」，研究事務長則改稱研發長。
- 民國100年12月7日
100學年度第5次行政會議，人事室提案將企劃組改設於「研究事務與國際合作處」下，並修正研究事務長及發展處處長之職掌。另「研究事務與國際合作處」增加企劃組後，因業務已另涵蓋校務發展規劃，故單位名稱建議修正為「研究發展處」，研究事務長則改稱研發長，決議通過並提校務會議討論。
- 民國100年12月21日
100學年度第1次校務會議，「東吳大學組織規程」修訂案，單位組織異動未通過。
- 民國101年5月2日
100學年度第11次行政會議，人事室依據101 年4 月11 日行政會議潘維大校長對於校務行政革新之指示，提出東吳大學組織規程修訂案。原「研究事務長」更名為「研究發展長」，負責學術研究及校務發展規劃等有關事務。原「國際合作與研究事務處」更名為「研究發展處」，下設「研究事務組」及「校務發展組」。為擴大國際與兩岸間之交流合作，將原「國際合作與研究事務處」之國合組升格為「國際與兩岸交流合作處」，下設「國際交流合作組」及「兩岸交流合作組」，並增加「國合長」一職，負責國際與兩岸交流合作等有關事務。
- 民國101年8月
因應行政單位組織調整，101年8月研究事務與國際合作處更名為「研究發展處」(簡稱研發處)。
- 民國102年3月18日
101學年度第16次行政會議，人事室提出東吳大學組織規程修訂案，配合實際運作之需，調整行政單位組織架構及職掌，其中調整研究發展處組織，為強化推動研究事務與產學合作，將「研究事務組」更名為「研究推動組」。新增「評鑑組」，負責校務及教學評鑑（原教學資源中心教學評鑑研究組所負責）等業務，會議決議請人事室彙整師長意見後，提下次行政會議討論。
- 民國102年3月25日
101學年度第17次行政會議，人事室提請討論東吳大學組織規程修訂案，調整研究發展處組織，新增「評鑑組」，負責校務及教學評鑑（原教學資源中心教學評鑑研究組所負責）等業務，修正通過提送校務會議討論。
- 民國102年5月29日及102年6月3日
101學年度第2次校務會議通過東吳大學組織規程修訂案，調整研究發展處組織，新增「評鑑組」，負責校務及教學評鑑（原教學資源中心之教學評鑑研究組所負責）等業務。
- 民國102年8月1日
配合學校組織調整，原教學資源中心教學評鑑研究組自102年8月1日起改隸研究發展處，並更名為評鑑組。
- 民國103年8月
由馬嘉應教授(會計系教授兼)擔任研究發展長。
- 民國105年7月
由王志傑教授(化學系特聘教授兼)擔任研究發展長。
- 民國113年8月
由胡凱傑教授(企業管理學系特聘教授兼)擔任研究發展長。
