東吳大學於大陸時期即設有會計學系，1951年在臺復校時，初設商學會計科，1954年正式更名為會計學系，為國內創辦最早的會計學系。1973年成立會計學研究所，為國內最早設立的會計學研究所之一，並在1994年配合教育部系所合一政策，正式更名為東吳大學會計學系碩士班。1999年為提供會計實務界高階主管的進修管道，特成立碩士在職專班。

　　現今學士班每年招收四班，在校生逾千人，歷屆畢業系友已逾萬人；碩士班與碩士在職專班，在校生百餘人，歷屆畢業已獲碩士學位者已逾千人，堪稱國內歷史最悠久，造就會計人才最多之會計學府。本系之設立宗旨為「培養敬業樂群的會計專業人才」，為秉持與落實此一宗旨，本系之教育目標包括：（1）建構理論與實務兼備之專業核心知識；（2）重視跨領域之科際整合；（3）養成專業倫理與樂群精神。本系在培育會計專業人才方面，一直不遺餘力，秉持教學嚴謹、質量並重的宗旨，在師生共同努力下，歷屆系友在各行各業中之傑出表現，倍受社會各界讚譽。

　　本系成立迄今已逾70年，向以辦學嚴謹著名於學術界與實務界，在陳振銑教授 Chen Zhen-Xian、宋作楠教授 T.N.Soong、鮑爾一教授 Eryi Bao、王量教授 Liang Wang 及馬君梅教授Chun-Mei Ma等歷任系主任之悉心策劃與領導下，奠定本系成為國內最佳會計學系之基礎，歷屆畢業系友遍佈於產、官、學界，傑出表現為本系建立良好口碑，為國內歷史最悠久、造就會計專業人才最多之會計學府，對我國財經發展之貢獻功不可沒。而陳振銑教授及宋作楠教授分別是資誠聯合會計師事務所與勤業會計師事務所創辦人之一，是使台灣會計界國際化最重要的開路先鋒。

　　為因應國際化之趨勢，本系近年來更致力營造多元化、國際化，以及跨領域資訊化教學與學習環境。展望未來，除積極致力於嚴謹教學、提升研究水準外，更加強與國際著名學術單位交流，並進一步與美國及大陸多所著名學校建立良好之合作關係。