公元一九○○年（清光緒26年），本校由基督教監理公會創辦，設校址於蘇州。民國四十年，東吳旅台同學會創議復校，經校友多方奔走，乃於民國四十三年奉教育部核准在台復校。

有鑑於當時台灣經濟發展正處萌芽階段，為配合經濟時勢，培養財經專才，故在復校時即設立經濟學系，隸屬法學院。民國五十八年本校恢復大學建制，設立商學院，將經濟學系改屬商學院，使本校學生享有理論與實務兼顧之學習環境。

因辦學優良，遂於民國五十九年成立夜間部與經濟學研究所，民國七十八年招收博士班學生。民國八十七年開辦大學推薦甄試入學招生，並於八十八學年度起成立在職進修碩士班。

1.民國43年：在台復校，設立經濟學系。

2.民國58年：本校恢復大學建制，設立商學院，將經濟學系改屬商學院。

3.民國59年：成立夜間部與經濟學研究所。

4.民國62年：奉准籌設博士班。

5.民國78年：開始招收博士班學生。

6.民國81年：成立東吳經濟系校友基金會。

7.民國82年：登記成立「財團法人東吳經濟系校友基金會。

8.民國83年：系所合一。

9.民國84年：碩士班成績優秀同學，可申請逕行修讀博士班。

10.民國87年：開始辦理大學甄選入學由學校推薦招生。

11.民國88年：開始招收碩士在職專班。

12.民國96年：大學甄選入學改為個人申請。

13.民國97年：開始招收「學碩士一貫學程」學生。

14.民國98年：本系學士班、碩士班、博士班經財團法人高等教育評鑑中心基金會「九十七年度大學校院系所評鑑認可審議委員會」通過認可。