為強化本校與中東歐地區高等院校之交流，本中心自2013年起即協助本校人文社會學院、外語學院與馬薩里克大學文學院進行互訪、合作協議等事宜。歷經兩年之協商，除協助三院簽署教師、學生交流合約外，更於2015暑期協助人文社會學院舉辦中東歐遊學團，率領學生前赴馬薩里克大學遊學，深化本校中東歐研究之潛能。本校與馬薩里克大學交流紀要如下:
2013年12月4-5日馬薩里克大學文學院副院長Jana Chamonikolasova教授率同馬薩里克大學中國研究中心主任Dusan Vavra教授，以及英文系教授呂維倫博士來訪，由中東歐研究中心張家銘主任協同本校人文社會學院謝政諭院長、外語學院賴錦雀院長、華語教學中心陳雅蓉副主任接待。外賓來訪過程中，與本校人文社會學院、外語學院確認締結合作關係，並研議共同簽署合作交流協議。
2014年5月兩校相關學院擬定《馬薩里克大學文學院（布爾諾，捷克）與東吳大學（人文社會學院、外國語文學院）學術交流協議》，並送各學院審核。
2014年8月18-24日東吳大學中東歐研究中心會同人文社會學院院長前赴中東歐匈牙利、捷克，進行學術交流訪問，並月8月22日由人社院謝政諭院長代表，正式與馬薩里克大學文學院院長Milan Pol教授簽署交流協議。簽約儀式中，Pol院長表達希望兩校三院未來能更落實、深化交流合作，可從研究合作，以及學生互換著手，同時，兩校三院可考慮未來朝向雙聯學位之合作進行規劃。此外，馬薩里克大學文學院願提供本校人社院舉辦中東歐夏日學校各方面之協助。
2015年2月8-11日中東歐研究中心執行長施富盛應人文社會學院謝院長之邀，前赴匈牙利布達佩斯(Budapest)及捷克馬薩里克大學拜會，針對人文社會學院將於2015年7月舉辦之中東歐遊學團，以及院際未來進一步之合作，進行細節討論。
2015年7月18日-8月1日本校人文社會學院舉辦「2015 前進中東歐-人文社會學院中東歐遊學團」活動，由中東歐研究中心執行長施富盛、社會學系中東歐教學研究中心執行長鄭得興及人文社會學院熊賢芝秘書率領28位學生前赴匈牙利、捷克三所姊妹校研習中東歐研究之夏日學校課程，並進行中東歐社會踏查。遊學團於7月24-27日間赴馬薩里克大學遊學研習，成果豐碩。
2015年11月25-26日 馬薩里克大學文學院副院長Tomáš Pospíšil教授率同中國研究中心主任Dusan Vavra教授、英文系Jan Chovanec教授、呂維倫教授蒞臨本校，由本校人文社會學院謝政諭院長、外語學院林茂松院長及中東歐研究中心吳志中主任接待。馬薩里克大學外賓除參加人社院中東歐遊學團學員成果發表會之外，亦參觀中東歐研究中心，並與本校相關單位商議未來更深入之教、研合作。
