教育部於96年1月9日頒布「大學評鑑辦法」，明訂大學評鑑之類別，並委託「財團法人高等教育評鑑中心基金會」（以下簡稱「高教評鑑中心」）於95-99年度辦理第一週期系所評鑑，完成79所大學校院1,907個系所之評鑑工作。本校因應「大學評鑑辦法」之規範，於96年5月30日經校務會議修訂「東吳大學學術單位內評實施辦法」相關條文，並將96-100學年度學術單位內評納入97-99學年度校務發展重點項目，配合教育部第一週期系所評鑑之施行，以原有內評措施為基礎，發展為等同系所評鑑之規模與內涵。
「大學評鑑辦法」公布後，教育部復於98年8月5日修正「大學評鑑辦法」部分條文，增訂具有完善自我評鑑機制，且其自我評鑑結果經教育部認定通過之大學校院，可於認定期限內免受評鑑；同時評鑑績優之私立大學除獲獎勵之外，更放寬辦理校務如系、所、學位學程、組及班之增設，以及招生人數、入學方式及名額分配等之限制。
為加速推動大學自我評鑑結果之認定，教育部於101年7月公布「試辦認定大學校院自我評鑑結果審查作業原則」，本校符合申請資格，乃依據前述審查作業原則之規範與標準，結合「東吳大學學術單位內評實施辦法」及「東吳大學校務評鑑實施辦法」之相關規定，擬訂「東吳大學自辦外部評鑑辦法」，經行政會議及校務會議討論通過，陳校長核定後公布施行，做為本校辦理各類評鑑之法源依據。於101年度通識教育暨第二週期系所評鑑，本校從發展目標及自我定位出發，依據「東吳大學自辦外部評鑑辦法」，研擬「東吳大學自辦外部評鑑實施計畫」，落實自我評鑑，建立持續改善機制，26個受評單位全數通過。
於106年教育部宣布停辦系所評鑑後，改由各校自行決定是否辦理及辦理的方式，本校採取自辦品保機制，向高教評鑑中心提交自辦申請書，於108年3月、109年12月完成系所自辦品保機制及結果認定程序，全校19個系所、學位學程受評單位（含50個班制）皆順利通過評鑑，確保評鑑效期延續性與完整性。
第四週期系所評鑑，本校經校內會議決議繼續以自辦品質保證機制辦理，並於113年1月向高教評鑑中心提交申請書，預定於114年2月送交「自辦品保機制實施計畫」。希冀持續透過自訂之評鑑指標及項目，讓受評單位進行自我檢視，再委請外部評鑑委員提供專業評鑑意見，協助受評單位針對缺失進行自我改善，建立完善內部品保機制，優化辦學品質。
東吳大學自辦品保機制實施計畫(114年2月15日機制送審版)下載
東吳大學自辦品保機制實施計畫相關附件(114年2月15日機制送審版)下載
