本系碩士班於2000年成立，課程一方面著重於將檔案文獻研究融入中國史、臺灣史以及世界史進階課程內，強化學生中西史學的底蘊，另方面則藉由公共史學、歷史教育以及數位人文等課程的訓練，引導學生發揮歷史的實用性，擴展學習的視野，豐富就業選擇。
本系鄰近檔案館藏豐富、長期舉辦各式展覽的故宮博物院，並有多路公車直達臺灣學術研究重鎮—中央研究院，為學生提供絕佳的研究環境與學術交流管道。
本系碩士班提供獎補助金，幫助同學專注於學業；另設立論文獎學金，鼓勵同學撰寫專業史學論文，鍛鍊研究能力 。
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