由「共通科目」及「通識教育」改為「基本科目」與「廣博科目」。

「通識教育」課程架構中設立「東吳通識講座」，持續以劉兆玄校長於2004至2006學年度期間向台積電、聯電、宏碁等企業家募款所得，聘任國內知名專家學者蒞校授課。

本校於「東吳大學94學年度第一次校務會議」增設「通識教育中心」為一級行政單位，負責規劃、推動通識教育課程及共同課程。下設若干組，各置組長1人，由主任提請校長聘請教師兼任。（第15-2條），此為本校設立通識教育專責單位之開端。

通識電子報第1期創刊號於95年11月13日發刊，共計發行12期(95/11/13~102/09/03)。

共通科目架構「基本科目」與「廣博科目」，改為「共同科目」及「通識科目」。

為建構「五育孕完人」之通識教育使命，以校訓中之「法古今完人」之「完人」為宗，以「德、智、體、群、美」之「五育」為念，特設計通識教育中心形象LOGO。

聯合北一區學校首次開辦「北一區暑期跨校選修通識課程及夏季學院通識課程」

自2008年起製作全校「通識教育課程地圖」，並訂定及推動東吳學生通識能力指標。

取消共同科目中「軍事教育」大一必修課程，另於「全校性選修」開設軍訓選修課程。

2012年起分別於兩校區規劃開設「當代精英的責任與關懷」大師通識講座課程。

通識教育中心出版「東吳大學通識徵文比賽第一至五屆得獎作品集」ISBN：9789866568268平裝。藉由舉辦通識徵文比賽以鼓勵學生思考通識教育對個人大學學習生涯的意義與重要性，進而擴展學生的知識面與觀察事物的角度，不僅培養對時事的觸覺與分析力，並增進本校通識教育成效。

自102學年度第一學期(102.8.1)起為利於教務長統合推動本校之共通教育課程，遂將本中心改隸教務處，並由一級行政單位改為二級行政單位。

因執行教育部計畫，增聘行政助理人力，辦公空間不敷使用，由寵惠堂二樓搬遷至第二教研大樓五樓(D0502室)。

2013年入學之新生之共通課程中，「共同課程」由27學分改為16學分，「通識課程」由8學分增加為12學分，總學分由35學分調整為28學分。

2014年入學新生訂定「英文能力」、「資訊能力」及「美育活動」三項畢業標準

2014年首度開設兩門同步遠距教學課程。

108學年度共同課程新增「思維方法」、「生命關懷」兩大課程。

本校於2019/7/22首度與故宮博物院簽訂「合作備忘綠」，透過此次雙方合作，本校自108學年度起於通識課程中規劃8門16學分之「故宮文物賞析與創新應用」第二專長課程，以校內、外專業師資與故宮研究員協同授課。結合故宮藝術資源，攜手合作培育藝術文化創新人才。

自110學年度起調整共通科目課程架構，包括「外文」領域除原有英、日、德文外，另增加「韓文」，學生可自行規劃修習之語文種類；刪除「民主法治」領域2學分；增加「職涯錨定」及「人工智慧跨域應用」領域各1學分；「通識課程」由12學分改為10學分。將六大類別整併為五大類別，共分「歷史與文化」、「文學與藝術」、「科學與環境」、「社會與跨域研究」、「人權、民主與法治」。

以「完人」為核心，融入五育精神，象徵知識大樹向外延展，展現跨域多元學習，培育德智體群美兼備之全方位人才為願景，設計新通識教育中心形象LOGO。