本校為培養從事日語教育人材，特籌辦日文組，並奉教育部1972年5月4日「台（61）高字第10439號」文核准，成立東方語文組，隸屬於文學院外國語文學系，此為本系之前身。1975年東方語文組獨立為東方語文學系。1976年增設夜間部。1980年本校成立日本文化研究所碩士班，此為本系碩士班之前身。1980年奉准更名為「日語學系」。1983年日間部增為雙班。1984年在前校長楊其銑先生支持及蔡茂豐教授（現為本校客座教授）的主持下，外國語文學院成立，本系由文學院轉為隸屬於外國語文學院，更名為「日本語文學系」。1986年夜間部增為雙班。1991年本校日本文化研究所博士班奉教育部1990年10月9日「台（79）高字第49736號」文核准成立，此為本系博士班之前身。1994年基於「系所合一」之原則，日本語文學系與日本文化研究所合併，日本文化研究所碩士班成為「日本語文學系碩士班」，日本文化研究所博士班成為「日本語文學系博士班」。1997年夜間部轉型為乙部和進修學士班。2000年乙部併入日間部。2001年成立碩士在職專班。2011年進修學士班增為雙班。目前學士班日間部共12班，進修學士班共10班，學生約1200人；碩博士班研究生約140人。本系成立至今已46年，畢業系友逾7000人。

【KK SCHOOL 企業專訪】東吳日文羅濟立主任 熱愛日語是支持長遠學習的基礎